本学会では、日本における消化管に関する基礎的・臨床的研究を奨励し、消化器病学の向上・発展をはかるため、毎年1回、学術集会（冬）・教育講演会を2回（秋・冬）を開催しております。
学術集会では、コアシンポジウムとして最も重要と思われるトピックスを複数年にわたり取り上げていきます。
また、2015年よりGI Weekと称し、日本消化管学会総会学術集会に続いて、3日目に日本カプセル内視鏡学会学術集会を合同開催しております。2021年からは2日目、3日目に日本潰瘍学会を合同開催しております。
学術集会のお知らせ
今後の学術集会
| 会期 | 2023年2月3日（金）4日（土） GI Week 2023 会期内開催 | |
| 会場 | 京王プラザホテル（東京都）およびオンライン開催 | |
| 会長 | 岩切 勝彦（日本医科大学消化器内科学 教授／日本医科大学付属病院消化器・肝臓内科 部長） | |
| テーマ | 消化管学 新たな領域へ | |
| 会期 | 2024年2月9日（金）10日（土） GI Week 2024 会期内開催 | |
| 会場 | 沖縄コンベンションセンター（沖縄県宜野湾市 空港から約40分） およびオンライン開催 | |
| 会長 | 春日井 邦夫（愛知医科大学消化器内科 教授） | |
| テーマ | For the Next Stage in Gastroenterology | |
| 第21回 | 会期 | 2025年 調整中 GI Week 2025会期内開催 |
| 会長 | 永原 章仁（順天堂大学医学部消化器内科 教授） | |
| テーマ | 調整中 |